Michael Cunningham az Ohio állambeli Cincinnatiban született, de a kaliforniai Pasadenában nőtt fel. A Stanford egyetemen angol irodalomból szerzett diplomát, majd az iowai egyetemen ösztöndíjjal tanult. Az író a kilencvenes években több ösztöndíjat nyert el, jelenleg a Yale egyetemen kreatív írást tanít. Cunningham nem titkolja, hogy saját neméhez vonzódik, de - mint egy interjúban kifejtette - nem szereti, ha szexuális irányultságát írói munkásságával hozzák kapcsolatba, mert az alapvetően nem befolyásolja művészetét.
Már az iowai évek alatt jelentek meg novellái rangos folyóiratokban, közülük a Fehér angyal című (amelyet később beépített az Otthon a világ végén című regényébe), bekerült az 1989 legjobb amerikai novelláit összegző válogatásba. Az 1990-ben napvilágot látott Otthon a világ végén szerelemről, barátságról szól, nem hétköznapi kapcsolatokról, nem szokványosan. (A könyvet 2004-ben megfilmesítették, a forgatókönyvet Cunningham írta.) 1995-ben jelent meg második regénye Flesh and Blood címmel, a mű három generáción át követi egy emigráns görög család életét, a kritikák szerint megrázó erővel.
Cunningham 1998-ban Az órák című regényével lépett Amerika meghatározó írói közé, a könyvért megkapta a Pulitzer-díjat és a PEN Faulkner-díját. A történet három nőalakja a 20. század három különböző időpontjában, három különböző helyzetben, de mégis hasonló válságokkal küzdve éli életét, próbálják megtalálni a boldogságot mások életén keresztül, sokszor a szeretett személy ellenében. A három sorsot Virginia Woolf Mrs Dalloway című regénye köti össze: az első főszereplő maga a súlyos depresszióban szenvedő írónő, aki írja művét, a második olvassa a könyvet, s nem tudja kivonni magát hatása alól, a harmadik pedig átéli, sőt megéli az irodalmi figura sorsát. Az órákból Stephen Daldry rendezésében, Nicole Kidman, Julianne Moore és Meryl Streep főszereplésével nagy sikerű film készült, a három helyzet, a három nőalak között a film sajátos eszközeivel teremtve kapcsolatot.
Cunningham 2005-ben született könyve a Jellegzetes napok. A múltban, jelenben és jövőben játszódó három történetben mindig egy férfi, egy nő és egy kamasz fiú áll a középpontban, az összekötő kapocs ezúttal Walt Whitman szelleme volt. Cunningham a következő évben szerkesztett egy Walt Whitman-kötetet, amelyhez előszót is írt. 2007-ben társírója volt a Susan Minot írónő Este című regényéből készült film forgatókönyvének. A Koltai Lajos által rendezett alkotásban, amelynek egyik producere Cunningham volt, olyan színészek vállaltak szerepet, mint Glenn Close, Toni Collette Vanessa Redgrave és Meryl Streep. Cunningham legutóbbi regénye 2010-ben By Nightfall címmel jelent meg, s a kritika kedvezően fogadta.